Epidémies virales émergentes : ce que nous apprend la fièvre de la Vallée du Rift

Maladie virale zoonotique à l’origine d’épidémies importantes, la fièvre de la Vallée du Rift (FVR) se transmet du bétail à l’humain. Une équipe internationale multidisciplinaire a développé un modèle pour étudier la dynamique de l’épidémie de FVR qui a touché le département ultramarin français de Mayotte en 2018-2019. Il permet de déterminer les proportions de transmission directe et indirecte, et de donner des pistes pour lutter contre les épidémies émergentes qui ne cessent de se succéder.

 
Qu'est-ce que la fièvre de la Vallée du Rift ?

Classée maladie prioritaire émergente par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en 2015, la dynamique de transmission de la fièvre de la Vallée du Rift (FVR, ou RVF chez les anglophones pour Rift Valley fever) restait peu étudiée. Dans le cadre d’une collaboration multidisciplinaire, des chercheurs et professionnels de la santé publique de l’Inserm, de Santé publique France, du Cirad et de la London School of Hygiene and Tropical Medicine, ont développé un modèle pour étudier la dynamique de l’épidémie de FVR qui a touché Mayotte en 2018-2019. Leurs travaux ont été publiés dans la revue PNAS le 29 septembre 2020.

La fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une fièvre hémoragique virale zoonotique (c'est-à-dire qu'elle peut se transmettre entre l'animal et l'homme).

Le virus de la FVR est un phlebovirus, identifié en 1931 lors d’une enquête sur une épidémie touchant les moutons d’une ferme de la Vallée du Rift, au Kenya.

La FVR sévit principalement en Afrique, à Mayotte et dans la péninsule arabique. Problème de santé publique majeur dans certains pays, elle fait partie depuis 2015 de la liste des maladies prioritaires émergentes de l’OMS.

Carte de répartition géographique en 2016
© Centers for Disease Control and Prevention

La FVR touche principalement le bétail chez qui elle provoque fièvre, faiblesse, avortement de gestation (dans près de 100% des cas) avec un taux élevé de maladie sévère et de décès chez les jeunes animaux.
Elle se transmet aux humains, par contact direct avec les fluides corporels d’animaux contaminés ou par piqûres de moustiques infectés à partir d’animaux malades. A ce jour, aucune contamination interhumaine n’a été rapportée.

La plupart des patients développent des formes asymptomatiques ou bénignes (fièvre, faiblesse, mal au dos et vertiges) et se rétablissent en quelques jours. Mais, dans 8 à 10 % des cas, les symptômes sont plus sévères :

• maladie oculaire avec lésions sur les yeux provoquant une vision floue et diminuée qui disparaissent généralement après 10 à 12 semaines, mais qui peuvent aussi persister (dans 50% des cas) lorque la macule - le centre de la rétine - est atteinte ;
• encéphalite (inflammation du cerveau) qui entraîne des maux de tête, un coma ou des convulsions qui survient chez moins de 1% des patients avec des déficits neurologiques qui peuvent être sévères et durables ;
• fièvre hémorragique (chez moins de 1% de tous les patients atteints) avec des symptômes initiaux de type jaunisse et autres signes d’insuffisance hépatique, suivis de vomissements de sang, de selles sanglantes ou de saignement des gencives, de la peau, du nez... conduisant dans 50% des cas et en 3 à 6 jours au décès des patients qui développent ces symptômes de fièvre hémorragique.

Les leçons de l'épidémie de 2018 à Mayotte

Alors que la recherche de vaccins pour le bétail avance, l’impact potentiel de la vaccination sur les dynamiques épidémiques n’avait encore jamais été évalué. L’équipe coordonnée par la chercheuse Inserm Raphaëlle Métras et sa collègue Marion Subiros de Santé publique France, en collaboration avec le Cirad, s’est donc intéressée à l’épidémie de FVR qui a touché l'île française de Mayotte, au large de Madagascar, en 2018-2019.

Elles ont utilisé les nombreuses données issues de deux dispositifs de surveillance mis en place en 2008 : l’un centré sur les animaux et l’autre sur l’humain. Ces données sur la séroprévalence chez le bétail et sur l’épidémiologie humaine (nombre de cas humains, caractéristiques sociodémographiques, critères d’exposition à la maladie, géolocalisation) ont permis de développr un modèle mathématique qui reproduit la dynamique de transmission du virus pendant l’épidémie de 2018-2019 et permet ainsi de mieux comprendre comment le virus est passé de l’animal infecté à l’Homme.

Les scientifiques ont ainsi montré que la transmission du virus à l’humain se fait plus par le biais des moustiques que par contact direct avec le bétail infecté : en supposant que 30% de la population travaille dans le secteur agricole, 55% des infections humaines ont été causées par des piqûres de moustiques contre 45 % par exposition au bétail.

L’équipe a également modélisé l’impact potentiel d’une vaccination du bétail pour réduire l’ampleur de l’épidémie : les résultats du modèle montrent que le fait de vacciner 20% du bétail pourrait réduire de 30% le nombre de cas humains. Des campagnes de vaccination précoces et massives du bétail seraient donc une mesure essentielle dans la diminution de l’incidence de la maladie chez l’humain : vacciner les animaux avec un mois de retard nécessite 50% de doses de vaccin en plus pour une même réduction de l'épidémie et la vaccination des humains 10 fois plus de doses.

D'une épidémie à l'autre...

Les épidémies de FVR engendrent des impacts sociétaux majeurs car, même lorsqu'elles touchent essentiellement le bétail, les animaux domestiqués sont gravement impactés (du fait de la maladie chez les adultes, des avortements et des décés des animaux jeunes) alors qu'ils sont une source importante de revenus pour beaucoup de personnes dans mes régions où elles se répandent.

De plus, les épidémies dans les populations animales - appelées "épizooties" - se multiplient, ainsi que les risques qu'elles se propagent à l'Homme.

Pour la seule fièvre de la Vallée du Rift :

• l'épizootie de FVR la plus notable est survenue au Kenya entre 1950 et 1951 et a entraîné la mort d’environ 100 000 moutons ;
• en 1977, en Égypte, une importante épidémie, vraisemblablement due à des animaux domestiques infectés provenant du Soudan, a touché animaux et êtres humains (avec plus de 600 décès humains) ;
• en Afrique de l’Ouest, en 1987, la construction du Projet d’aménagement du fleuve Sénégal a entraîné des inondations dans la partie inférieure du fleuve, menant à une modification des conditions écologiques et des interactions animaux-homme, et à une importante épidémie de FVR...
• en septembre 2000, une épidémie a été signalée en Arabie saoudite puis au Yémen : il s’agissait des premiers cas de fièvre de la Vallée du Rift identifiés en dehors de l’Afrique ;
• après de nombreux petits foyers en 2008-2009, une épidémie massive a eu lieu en République d’Afrique du Sud en 2010 et 2011 : plus de 250 cas humains (dont 25 mortels) et plus de 14 000 cas parmi le bétail (avec 8 000 morts signalés) tandis qu'en Namibie, des foyers ont été signalés (le virus de la FVR qui circulait en Namibie était identique à celui qui circulait en Afrique du Sud) ;
• début 2010, en Afrique du Sud, une épidémie a fait 172 cas humains (15 décès), majoritairement par contact direct avec des ruminants infectés ;
• fin 2010, des foyers ont été rapportés dans le nord de la Mauritanie : les cas, humains et animaux, sont apparus peu de temps après des épisodes de pluies intenses et anormales et ont provoqué une importante mortalité de dromadaires ainsi que 63 cas humains (dont 13 mortels) ;
• en 2012, en Mauritanie, un nombre important de ruminants et plus de 34 cas humains (dont 17 mortels) ont été rapportés ;
• en 2013 et 2014, en Mauritanie et au Sénégal, des gazelles dorcas (Gazella dorcas) et des ruminants domestiques ont été confirmées positives et des cas humains ont été détectés. Au Sénégal, l’épidémie coïncidait avec les préparations pour la fête musulmane de l’Eid-el-Kebir et en Mauritanie, des cas ont été décrits chez des dromadaires et des petits ruminants dans 5 régions ;
• en 2015, en Mauritanie, 31 patients ont été hospitalisés avec une forme grave de (8 personnes au moins sont décédées) ;
• en 2016, au Niger, 348 cas suspects ont été signalés chez l’homme (dont 17 confirmés en laboratoire et 33 décès) ainsi que de nombreux cas de ruminants malades et avortant ;
• depuis 2016, en Ouganda, au moins 11 épidémies sporadiques ont été identifiées en Ouganda ;
• en juin 2018, au Kenya, un nombre élevé de décès et d’avortements parmi le bétail, y compris des chameaux et des chèvres, a été signalé ainsi que 26 cas humains (six décès soit un taux de létalité de 23%) vraisemblablement dus à la consommation de viande d’animaux malades ;
• en 2018 et 2019, à Mayotte, 129 cas humains et 109 foyers animaux ont été confirmés, principalement dans le centre et le nord-ouest de l’île principale Grande-Terre ;
• début octobre 2020, après avoir fait face au Covid-19 et à la fièvre Crimée-Congo, la Mauritanie subit une épodémie de fièvre de la vallée du Rift : en quelques jours 13 cas et 3 décés ont été enregistrés...

Dans un contexte où les épidémies de maladies zoonotiques et émergentes ne cessent de se succéder, ces récents travaux sur l'épidémie à Mayotte illustrent l’importance d’une approche abordant de façon systémique et unifiée la santé publique, animale et environnementale aux échelles locales, nationales et planétaire.

Comme le soulignent les auteurs Raphaëlle Métras (Inserm), Marion Subiros (Santé Publique France) et Eric Cardinale (Cirad) : « L’urgence sanitaire associée à la pandémie de Covid-19 doit nous contraindre à repenser les liens entre santé humaine, animale et environnementale. »

Sources :

Publication Estimation of Rift Valley fever virus spillover to humans during the Mayotte 2018–2019 epidemic de Raphaëlle Métras, W. John Edmunds, Chouanibou Youssouffi, Laure Dommergues, Guillaume Fournié, Anton Camacho, Sebastian Funk, Eric Cardinale, Gilles Le Godais, Soihibou Combo, Laurent Filleul, Hassani Youssouf et Marion Subiros. PNAS. 29/09/2020.

Programme R&D Blueprint de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS)

Page "Fièvre de la vallée du Rift" sur le site de l'OMS

 Page "Fièvre de la Vallée du Rift" du Centers for Disease Control and Prevention